DETEKSI VIRUSInfectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus (IHHNV) PADA UDANG VANNAMEI (Litopenaeus Vannamei) DI BALAI KARANTINA IKAN PENGENDALIAN MUTU DAN KEAMANAN HASIL PERIKANAN SEMARANG JAWA TENGAH

Indonesia merupakan Negara kedua terbesar produsen perikanan
budidaya di dunia, dengan total produksi 14,7 juta ton senilai total USD 10,56
miliar. Indonesia sebagai Negara maritime menghasilkan banyak komoditas
ekspor dari bidang kelautan yang salah satunya adalah udang (Saputri k, 2017).
Udang vannamei merupakan komoditas air payau yang banyak diminati karena
memiliki keunggulan seperti tahan terhadap penyakit, mempunyai tingkat
pertumbuhan yang relative cepat, dan sintasan pemeliharaan yang tinggi (arifin
dkk., 2012). Kegiatan budidaya udang di Indonesia tidak terlepas dari adanya
gangguan. Infeksi penyakit adalah ancaman terbesar produksi budidaya udang di
berbagai Negara terutama Indonesia. Pesatnya peningkatan bidang budidaya
sejak tahun 1980an memfasilitasi tingginya penyebaran dan wabah patogen,
virus pada khususnya (Amrillah, dkk., 2015). Virus merupakan penyakit yang
sering menyerang udang vannamei. Jenis virus yang sering menyerang udang
vannamei diantaranya adalah Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis
Virus (IHHNV). Penyakit ini yang menyebabkan kematian total pada udang yang
dibudidayakan (Rukyani, 1992). Teknik identifikasi virus pada udang memiliki
peranan penting untuk mengetahui keadaan virus yang menginfeksi udang
vannamei sehingga dapat dilakukan pencegahan infeksi virus yang menyerang
(Rahma et al.,2014)
Maksud dari pelaksanaan Kerja Praktek Akhir ini adalah mengikuti seluruh
kegiatan teknik identifikasi penyakit virus pada udang vannamei di Balai
Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Semarang,
Jawa Tengah. Dengan tujuan meningkatkan keterampilan dan mengetahui
Tahapan pemeriksaan virusInfectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis
Virus (IHHNV) di Balai Karantina Ikan Pengandalian Mutu Dan Hasil Perikanan
Semarang JawaTengah
Kerja Praktek Akhir (KPA) ini akan dilaksanakan mulai tanggal 8 Maret 2021
sampai dengan 28 April 2021 di Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan
Keamanan Hasil Perikanan Semarang. Metode yang digunakan dalam Kerja
Praktek Akhir (KPA) ini adalah metode survei dan eksplorasi laboratoris.
Sedangkan Sumber data yang dikumpulkan terdiri atas data primer dansekunder.
iv

Tahapan pertama yang dilakukan dalam deteksi IHHNV pada udang
vannamei yaitu preparasi sampel. Adapun sampel yang penulis jadikan bahan
laporan adalah sampel hasil pemantauan dan lalu lintas pada wilayah kerja Balai
KIPM Semarang, sampel yang digunakan merupakan sampel data primer pada
pelaksanaan praktek dan sampel data sekunder hasil pengujian pada tahun
sebelumnya, dengan rincian 10 sampel pemantauan data sekunder dan 6
sampel pemantauan data primer dengan total 16 sampel pemantauan. Preparasi
sampel dilakukan untuk pengambilan organ target pada organ target benur atau
post larva diambil seluruh tubuh dan udang dewasa diambil kaki renang,
karapas, kaki jalan, insang dan ekor.
Proses ekstraksi pada virus IHHNV berlangsung dengan menggunakan SOP
yang telah tersedia di Balai KIPM Semarang. Prosedur ekstraksi dimulai dengan
memasukan 20 mg organ target kedalam tube 1,5 ml lalu ditambahkan Lysis
buffer sebanyak 500µ lalu dihomogenkan dengan menggunakan pastel kemudian
dilanjutkan dengan diinkubasi selama 10 menit dengan suhu 95
C, setelah itu
dilakukan sentrifugasi pada12.000 RPM selama 10 menit, jika sudah maka akan
diambil bagian supernathan sebanyak 200µ dipindahkan ke tube steril baru lalu
ditambahkan alkohol 95%sebanyak 400 µ kemudian disentrifugasi kembali
12.000 RPM selama 5 menit. Langkah selanjutnya adalah membuang larutan
Alkohol 95%dan bagian pellet dikeringkan dengan cara membalik mikrotube1,5
mldiatas tissue kering. Jika sudah kering maka selanjutnya diencerkan kembali
menggunakan TE buffer sebanyak 100-200 µ sesuai kadar pellet, kemudian siap
untuk dilakukanamplifikasi.
Proses amplifikasi prosedur dari amplifikasi virus IHHNV menggunakan
reagen primerreverse dan forward, nuclease free water, Go taq green, dan DNA
template, volume reaksi amplifikasinya yaitu 12,5µ. Amplifikasi pada IHHNV
O
menggunakan first step. Pada tahapan amplifikasi akan terjadi proses denaturasi
atau pemisahan DNA, annealing atau penempelan primer dan ekstensi
merupakan pemanjangan pita DNA. Setelah diamplifikasi maka selanjutnya DNA
akan dilakukan elektroforesis agar bisa dilakukan pembacaan hasilnantinya.
v

Hasil amplifikasi ini kemudian dielektroforesis untuk menentukan ukuran
basa DNA yang dihasilkan. Proses elektroforesis ini diawali dengan pembuatan
gel agarose, terdapat agarose 13 sumuran dan agarose 26 sumuran. Pada 13
sumuran dengan komposisi 1gr agarose+50 ml TAE 1x+2 µlSYBR. Safe
Sedangkan untuk 26 sumuran komposisi yan digunakan adalah 2gr agarose+100
ml TAE 1x+4 µlSYBRSafe. Dimana agarose dilarutkan dengan TAE kemudian
dipanaskan hingga mendidih lalu ditambahkan SYBR Safe. Kemudian
dituangkan kedalam cetakan yang sesuai pada cetakan 13 sumuran atau 26
sumuran.
Sementara itu alat untuk elektroforesis disiapkan, apabila gel agarose sudah
mengeras maka selanjutnya gel agarose diletakan pada tabung elektroforesis
kemudian direndam dengan menggunakan TAE 1x sampai terendam. Setelah itu
dilanjutkan dengan penanaman marker (marker yang digunakan IHHNV 100 bp)
4 µl, penanaman kontrol negative(6µl Loading Dye + 2 µl Nuclease Free Water,
kontrol positif6 µl dan sampel 6 µl. Selanjutnya disetting elektroforesis pada 100
volt dengan waktu 35 menit. Kemudian setelah selesai maka akan direndam
menggunakan SYBR selama 5 menit lalu dibilas menggunakan akuades dan
dilakukan UV transiluminator lalu difoto menggunakan kamera yang terdapat
pada UV transiluminator tersebut lalu dibaca hasilnyadikomputer.
Dari hasil Kerja Praktek Akhir dapat disimpulkan bahwa prosedur deteksi
virus IHHNV yaitu meliputi ekstraksi sampel, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan
pembacaan hasil, yang membedakan virus IHHNV dengan beberapa virus lain
adalah proses amplifikasinya ada yangdoublestepdansinglestep sehingga
formulasi reagen terdapat 2 sedangkan pada IHHNV hanya menggunakn first
step. Dari hasil sampel pemantauan dan lalu lintas 2021 dan sampel data
sekunder 2020 menunjukan bahwa hasil positive. Hal ini menunjukan bahwa
wilayah kerja dari Balai KIPM Semarang sudah ditemukan adanya virus IHHNV
yang masuk.