Deteksi virus Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus (IHHNV) pada Udang Vannamei (Litopenaeus Vannamei) di Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Semarang Jawa Tengah

Indonesia merupakan Negara kedua terbesar produsen perikanan budidaya di dunia, dengan total produksi 14,7 juta ton senilai total USD 10,56 miliar. Indonesia sebagai Negara maritime menghasilkan banyak komoditas ekspor dari bidang kelautan yang salah satunya adalah udang (Saputri k, 2017). Udang vannamei merupakan komoditas air payau yang banyak diminati karena memiliki keunggulan seperti tahan terhadap penyakit, mempunyai Tingkat pertumbuhan yang relative cepat, dan sintasan pemeliharaan yang tinggi (Arifin dkk., 2012). Kegiatan budidaya udang di Indonesia tidak terlepas dari adanya gangguan. Infeksi penyakit adalah ancaman terbesar produksi budidaya udang di berbagai Negara terutama Indonesia. Pesatnya peningkatan bidang budidaya sejak tahun 1980an memfasilitasi tingginya penyebaran dan wabah patogen, virus pada khususnya (Amrillah, dkk., 2015). Virus merupakan penyakit yang sering menyerang udang vannamei. Jenis virus yang sering menyerang udang vannamei diantaranya adalah Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus (IHHNV). Penyakit ini yang menyebabkan kematian total pada udang yang dibudidayakan (Rukyani, 1992). Teknik identifikasi virus pada udang memiliki peranan penting untuk mengetahui keadaan virus yang menginfeksi udang vannamei sehingga dapat dilakukan pencegahan infeksi virus yang menyerang (Rahma et al.,2014)
Maksud dari pelaksanaan Kerja Praktek Akhir ini adalah mengikuti seluruh kegiatan teknik identifikasi penyakit virus pada udang vannamei di Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Semarang, Jawa Tengah. Dengan tujuan meningkatkan keterampilan dan mengetahui Tahapan pemeriksaan virusInfectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus (IHHNV) di Balai Karantina Ikan Pengandalian Mutu Dan Hasil Perikanan Semarang Jawa Tengah.
Kerja Praktek Akhir (KPA) ini akan dilaksanakan mulai tanggal 8 Maret 2021 sampai dengan 28 April 2021 di Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Semarang. Metode yang digunakan dalam Kerja Praktek Akhir (KPA) ini adalah metode survei dan eksplorasi laboratoris. Sedangkan Sumber data yang dikumpulkan terdiri atas data primer dansekunder. Tahapan pertama yang dilakukan dalam deteksi IHHNV pada udang vannamei yaitu preparasi sampel. Adapun sampel yang penulis jadikan bahan laporan adalah sampel hasil pemantauan dan lalu lintas pada wilayah kerja Balai KIPM Semarang, sampel yang digunakan merupakan sampel data primer pada pelaksanaan praktek dan sampel data sekunder hasil pengujian pada tahun sebelumnya, dengan rincian 10 sampel pemantauan data sekunder dan 6 sampel pemantauan data primer dengan total 16 sampel pemantauan. Preparasi sampel dilakukan untuk pengambilan organ target pada organ target benur atau post larva diambil seluruh tubuh dan udang dewasa diambil kaki renang, karapas, kaki jalan, insang dan ekor.
Proses ekstraksi pada virus IHHNV berlangsung dengan menggunakan SOP yang telah tersedia di Balai KIPM Semarang. Prosedur ekstraksi dimulai dengan memasukan 20 mg organ target kedalam tube 1,5 ml lalu ditambahkan Lysis buffer sebanyak 500µ lalu dihomogenkan dengan menggunakan pastel kemudian dilanjutkan dengan diinkubasi selama 10 menit dengan suhu 95 C, setelah itu dilakukan sentrifugasi pada12.000 RPM selama 10 menit, jika sudah maka akan diambil bagian supernathan sebanyak 200µ dipindahkan ke tube steril baru lalu
ditambahkan alkohol 95%sebanyak 400 µ kemudian disentrifugasi Kembali 12.000 RPM selama 5 menit. Langkah selanjutnya adalah membuang larutan Alkohol 95%dan bagian pellet dikeringkan dengan cara membalik mikrotube1,5 ml diatas tissue kering. Jika sudah kering maka selanjutnya diencerkan Kembali menggunakan TE buffer sebanyak 100-200 µ sesuai kadar pellet, kemudian siap untuk dilakukanamplifikasi.
Proses amplifikasi prosedur dari amplifikasi virus IHHNV menggunakan reagen primerreverse dan forward, nuclease free water, Go taq green, dan DNA template, volume reaksi amplifikasinya yaitu 12,5µ. Amplifikasi pada IHHNVO menggunakan first step. Pada tahapan amplifikasi akan terjadi proses denaturasi atau pemisahan DNA, annealing atau penempelan primer dan ekstensi merupakan pemanjangan pita DNA. Setelah diamplifikasi maka selanjutnya DNA akan dilakukan elektroforesis agar bisa dilakukan pembacaan hasilnantinya.
Hasil amplifikasi ini kemudian dielektroforesis untuk menentukan ukuran basa DNA yang dihasilkan. Proses elektroforesis ini diawali dengan pembuatan gel agarose, terdapat agarose 13 sumuran dan agarose 26 sumuran. Pada 13 sumuran dengan komposisi 1gr agarose+50 ml TAE 1x+2 µlSYBR. Safe Sedangkan untuk 26 sumuran komposisi yan digunakan adalah 2gr agarose+100 ml TAE 1x+4 µlSYBRSafe. Dimana agarose dilarutkan dengan TAE kemudian
dipanaskan hingga mendidih lalu ditambahkan SYBR Safe. Kemudian dituangkan kedalam cetakan yang sesuai pada cetakan 13 sumuran atau 26 sumuran. Sementara itu alat untuk elektroforesis disiapkan, apabila gel agarose sudah mengeras maka selanjutnya gel agarose diletakan pada tabung elektroforesis kemudian direndam dengan menggunakan TAE 1x sampai terendam. Setelah itu dilanjutkan dengan penanaman marker (marker yang digunakan IHHNV 100 bp) 4 µl, penanaman kontrol negative(6µl Loading Dye + 2 µl Nuclease Free Water, kontrol positif6 µl dan sampel 6 µl. Selanjutnya disetting elektroforesis pada 100 volt dengan waktu 35 menit. Kemudian setelah selesai maka akan direndam menggunakan SYBR selama 5 menit lalu dibilas menggunakan akuades dan dilakukan UV transiluminator lalu difoto menggunakan kamera yang terdapat pada UV transiluminator tersebut lalu dibaca hasilnyadikomputer.
Dari hasil Kerja Praktek Akhir dapat disimpulkan bahwa prosedur deteksi virus IHHNV yaitu meliputi ekstraksi sampel, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan pembacaan hasil, yang membedakan virus IHHNV dengan beberapa virus lain adalah proses amplifikasinya ada yangdoublestepdansinglestep sehingga formulasi reagen terdapat 2 sedangkan pada IHHNV hanya menggunakn first step. Dari hasil sampel pemantauan dan lalu lintas 2021 dan sampel data sekunder 2020 menunjukan bahwa hasil positive. Hal ini menunjukan bahwa wilayah kerja dari Balai KIPM Semarang sudah ditemukan adanya virus IHHNV yang masuk.