Deteksi Penyakit Viral pada Udang Vannamei (Litopenaeus Vannamei) dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Di Laboratorium Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu, dan Keamanan Hasil Perikanan (Balai KIPM) Surabaya I Jawa Timur

Indonesia sebagai Negara maritim menghasilkan banyak komoditas ekspor dari bidang
kelautan, salah satunya adalah udang yang memiliki potensi pengembangan yang sangat
signifikan (Saputri K, 2017). Tingginya nilai ekonomis udang vannamei maka tinggi pula
komoditas udang vannamei yang dilalulintaskan. Sampel udang yang dilalulintaskan dari
berbagai daerah dikarantina terlebih dahulu sebagai upaya pencegahan keluar masuk dan
tersebarnya hama penyakit baik dari luar negeri, dan juga dari satu area ke area lainnya.
Pesatnya peningkatan bidang budidaya sejak tahun 1980an memfasilitasi tingginya penyebaran
dan wabah pathogen, khususnya pada virus (Amrillah, dkk., 2015). Serangan penyakit viral
tersebut dapat menyerang secara tunggal dan tergolong ganas dan tingkat kematian bisa
mencapai 60-80 % (Hanggono dan Junaidi, 2015). Mengingat pentingnya penguasaan terhadap
deteksi penyakit udang, maka dalam kegiatan Kerja Prakter Akhir ini penulis mengambil judul
Deteksi Penyakit Viral pada Udang Vannamei (Litopenaeus Vannamei) dengan Metode
Polymerase Chain Reaction (PCR) Di Laboratorium Balai Karantina Ikan Pengendalian Mutu, dan
Keamanan Hasil Perikanan (Balai KIPM) Surabaya I Jawa Timur.

Maksud dari Kerja Praktek Akhir ini adalah mengikuti secara langsung seluruh kegiatan
deteksi penyakit viral pada udang vannamei dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR)
di laboratorium Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu, Dan Keamanan Hasil Perikanan (Balai
KIPM) Surabaya I Jawa Timur. Tujuan dari Praktek Kerja Akhir ini adalah menambah
pengetahuan dan keterampilan dalam kegiatan deteksi penyakit viral pada udang dengan metode
Polymerase Chain Reaction (PCR) di laboratorium Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu, Dan
Keamanan Hasil Perikanan (Balai KIPM) Surabaya I Jawa Timur.

Kerja Praktek Akhir (KPA) ini dilaksanakan pada tanggal 21 Maret – 1 Juli 2022 di
laboratorium Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (Balai
KIPM) Surabaya I Provinsi Jawa Timur. Metode yang digunakan dalam Kerja Praktek Akhir (KPA)
ini yaitu metode survei dan magang. Sumber data yang digunakan adalah sumber data primer
dan data sekunder. Teknik pengumpulan data yang dilakukan dengan observasi, wawancara dan
partisipasi aktif. Teknik pengolahan data diolah dalam bentuk tabel maupun diagram. Analisa
data yang digunakan yaitu analisis deskriptif.
Balai KIPM Surabaya I terletak di Jl. Raya Bandar Udara Ir. H. Juanda No. 23, Desa
Semambung, Kecamatan Gedangan, Kabupaten Sidoarjo, Provinsi Jawa Timur. Mempunyai
tugas melaksanakan pencegahan masuk dan tersebarnya hama dan penyakit ikan karantina dari
luar negeri dan dari suatu area ke area lain di dalam negeri, atau keluarnya dari dalam wilayah
Negara Republik Indonesia, pengendalian mutu dan keamanan hasil perikanan, penerapan
sistem manajemen mutu, dan pengawasan keamanan hayati ikan. Terdiri dari 114 pegawai dan
26 wilayah kerja.
Deteksi virus pada udang vannamei dilakukan di laboratorium biologi molekuker Balai
KIPM Surabaya I yang terdiri dari beberapa tahap, antara lain nekropsi/preparasi sampel,
ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis, dan pembacaan hasil.
Sampel udang vannamei yang terdapat di Balai KIPM Surabaya I meliputi benur, nauplii,
dan induk udang vannamei. Proses nekropsi dilakukan sesuai dengan jenis sampel udang, untuk
sampel nauplii dan benur menggunakan saringan, kemudian untuk induk udang diambil sesuai
dengan organ target TSV dan IHHNV. Kemudian sampel diambil sebanyak 20-30 mg untuk
dilakukan pengujian.

Proses ekstraksi untuk pengujian virus pada udang vannamei menggunakan Kit Silica
Extraxtion. Tahapan ekstraksi dimulai dari 20 mg sampel pada tube ditambahkan 900 µl GT
Buffer dan digerus dengan pestle kemudian sentrifuge 3 menit. Ditambahkan 40 µl silica (1 g/ml)
kedalam mikrotube baru. Setelah di sentrifuge, pindahkan 600 µl bagian atas/supernatant ke
dalam mikrotube yang telah terisi silica 40 µl (1 g/ml) dan vortex hingga merata. Kemudian
sentrifuge 12.000 rpm selama 15 detik lalu buang supernatan. Kemudian cuci silica pellet dengan
500 µl GT Buffer lalu vortex. Sentrifuge 12.000 rpm selama 15 detik lalu buang supernatan.
Kemudian cuci pellet silica dengan menggunakan 1 ml Ethanol 70%. Vortex pellet silica sampai
larut semua. Setelah itu, sentrifuge pada 12.000 rpm selama 15 detik dan buang Ethanol sampai
kering. Lalu tambah 400 µl DEPC ddH2O kedalam pellet silica. Vortex sampai pellet silica terlarut
sempurna. Inkubasi pada suhu 55ºC selama 10 menit. vortex kemudian sentrifuge 12.000 rpm
selama 2 menit. setelah itu pindahkan 200 µl larutan atas/supernatan ke dalam mikrotube baru
kemudian siap untuk dilakukan amplifikasi.
Proses amplifikasi virus dibedakan menjadi amplifikasi virus RNA yaitu virus TSV dan
virus DNA yaitu virus IHHNV. Amplifikasi virus TSV dan IHHNV menggunakan single step PCR
konvensional pada mesin thermalcycler. Untuk tahapan amplifikasi menggunakan bahan reagen
dan profil amplifikasi sesuai dengan kit RNA dan DNA yang digunakan. Pada amplifikasi virus
RNA terdapat reverse transcription enzym yang berfungsi untuk membantu proses perubahan
mRNA menjadi cDNA. Molekul cDNA digunakan sebagai cetakan dalam proses amplifikasi dalam
mesin PCR. Sedangkan untuk virus DNA proses running langsung memasuki pada tahap predenaturasi.

Hasil dari proses amplifikasi didapatkan amplikon/pengagandaan DNA. Setelah
proses PCR selesai, dan amplikon didapatkan, tahap selanjutnya yaitu elektroforesis sampel.
Hasil dari kopian amplifikasi/amplikon virus TSV dan IHHNV kemudian dilakukan
elektroforesis dengan menggunakan gel. Cara kerja elektroforesis ini yaitu ketika terjadi aliran
listrik, gel agarose akan meneruskan aliran listrik tersebut sehingga DNA yang diletakkan di
dalam sumur (lubang gel agarose) akan terpisah dari molekul-molekul bukan DNA yang
tercampur di dalam sampel. proses elektroforesis sampel diawali dengan pembuatan gel agarose
yang dilarutkan dengan TAE Buffer 1X. Elektroforesis di Balai KIPM Surabaya I menggunakan
agarose dengan konsentrasi 2%, yaitu 120 ml aquades dan 2 gram serbuk agarose. Kemudian
serbuk agar di homogenkan dengan microwave selama 4 menit. Setelah homogen ditambahkan
SYBR
®
Safe sebanyak 5 µl. Kemudian dituang pada cetakan agar yang telah dipasang sisir,
kemudian tunggu hingga memadat. Setelah memadat, gel diletakkan pada elektroforesis set
kemudian dituangkan TAE Buffer hingga gel terendam. Kemudian amplikon hasil amplifikasi
dimasukkan ke dalam sumuran gel menggunakan mikropipet. Kemudian dilakukan running
elektroforesis dengan voltase sebesar 120 Volt dengan arus 400 mA dalam waktu 40 menit.
Setelah elektroforesis selesai kemudian dilakukan pembacaan hasil dengan UV Transiluminator.
Berdasarkan hasil Kerja Praktek Akhir (KPA) dapat disimpulkan bahwa prosedur
pengelolaan sampel di Balai KIPM Surabaya I meliputi: penerimaan sampel oleh petugas dengan
mencatat dan memberi kode pada sampel uji, pemeriksaan kesesuaian sampel dengan
permohonan, melakukan nekropsi, didistribusikan ke laboratorium biologi molekuler, menerbitkan
hasil pengujian sementara, menerbitkan laporan hasil pengujian yang sudah diverifikasi oleh
manager teknis yang selanjutnya akan disampaikan ke pengguna jasa melalui petugas
pelayanan.
Metode yang dilakukan untuk pemeriksaan virus TSV dan IHHNV di Balai KIPM Surabaya
I dengan metode PCR konvensional melalui beberapa tahapan yaitu ekstraksi DNA, Amplifikasi
dengan Single Step PCR, dan Elektroforesis baru kemudian dapat diketahui hasilnya (positif atau
negatif).
Deteksi virus TSV dapat dilihat pada panjang band 231 bp dan IHHNV pada 389 bp.
Sampel Udang Vannamei di Balai KIPM Surabaya I didapatkan jumlah sampel yang masuk
sebanyak 98 sampel yang terdiri dari 42 sampel nauplii, 47 sampel benur, dan 9 sampel induk
udang vannamei. Dari seluruh sampel yang diujikan, hasil analisa menyatakan bahwa 98 sampel
negatif terhadap virus TSV dan IHHNV.

Daftar Pustaka
Hanggono, B dan M, Junaidi. 2015. Deteksi Penyakit Viral Pada Udang Vannamei (Litopennaeus
vannamei) Dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal JSAPI. 6 (1): 0113.

Saputri,
K.
2017.
Peluang
dan
Kendala
Ekspor
Udang
Indonesia
Kepasar
Jepang.
Jurnal
Ilmu

Hubungan
Internasional.
5
(4):
1179-1194.

Zuhriana,

K. Y. 2010. Polymerase Chain Reaction. Jurnal Saintek 5 (6) : 78-85.